中国海事仲裁委员会上海分会（简称“上海分会”）成立于2003年1月，上海分会独立受理案件，进行案件程序管理工作，与中国海仲总会使用相同的《仲裁规则》《仲裁员名册》。上海分会在上海市政府、法院及业界人士的支持下，依托上海及长三角地区航运市场的发展，经过十多年的不懈努力，取得了卓越的成绩。受理案件类型涉及船舶建造、船舶买卖、船舶融资租赁、租船、提单、货物运输、海上保险、船舶碰撞、物流、渔业等传统海事海商纠纷，也包括再保险、国际贸易等新型纠纷。案件涉及几十个国家及一带一路国家和地区，自成立以来已作出逾千件仲裁裁决。上海分会先后设立了渔业争议解决中心、海事调解中心，并与上海海事法院合作建立了“委托调解”的诉调对接机制，在多元争议解决方面突破创新；坚持构建法律基础工作，召集专家编订并出版了《标准航运合同系列（上海格式）》第一分册、第二分册、《货运代理协议》《标准船舶修理合同》。

2015年，上海分会撰写并发布了《2014年度中国海事仲裁年度报告》。该报告从宏观和微观的角度，在分析2014年度中国海事仲裁案件数据的基础上，跟踪中国海事仲裁的法制发展，观察中国海事仲裁机构在推进国际海事仲裁规则与实践方面所作的努力，探讨中国仲裁领域的司法协助与监督情况，全面、深入、系统地对中国海事仲裁的发展现状进行分析报告。报告具有较好的研究价值，同时也对上海市政府在海事、航运及高端服务业的扶持政策的出台具有参考意义。

上海分会还举办了航运外贸企业法律风险沙龙、海事仲裁与航运法律服务发展座谈会、航运企业法律实务与新政解读交流会、船舶法律实务研讨会等，并与世界知名仲裁机构联合举办各类研讨会暨模拟仲裁。2016年，上海分会成功召开了“一带一路”战略下航运保险与海事法律服务研讨会、航运金融和海事仲裁的机遇与挑战研讨会、涉外涉港船舶融资租赁实务与法律问题研讨会、船舶融资租赁合同纠纷沙龙、航运金融与海事仲裁沙龙等活动。2017年，上海分会先后举办“海事仲裁——行之有效的纠纷解决机制”研讨会、“航运金融与担保实务”座谈会、“船舶修理相关法律风险防范沙龙”。2018年，上海分会成功举办“单证法律问题实务”研讨会、“海上货物运输法律与实务问题”研讨会、“渔业船员劳务合同风险防范”讲座，并参加由全国律协举办的“一带一路背景下境外海事仲裁”研讨会。2019年，上海分会成功发布《标准船舶修理合同》，系国内第一个船舶修理行业的标准合同。同时，在江苏地区举办多场涉及货代、造船等多领域的主题研讨活动。

2020年11月6日，中国海仲上海总部（以下简称“上海总部”）揭牌仪式在上海隆重举行。上海总部的升级将帮助中国海仲实现组织架构、功能定位、发展目标的三重优化，全面提升服务能级和核心竞争力。上海总部升级后将成为中国海仲海事仲裁业务核心、海事仲裁品牌重心以及核心业务的宣传窗口和创新平台。

2021年，上海总部与南京海事法院建立海事司法与海事仲裁合作框架协议，迈出了助力长三角一体化的坚实脚步。