澳门世界贸易中心仲裁中心原称为「澳门世界贸易中心自愿仲裁中心」,由澳门政府于一九九八年六月五日通过第48/GM/98号批示宣告成立。中心成立最主要的目的是在本地区推广及发展仲裁和调解这两种非司法性质的解决纷争的程序,以便让存在争议的当事人在选择解决纠纷的方式时,除可提起司法诉讼外,能有另外可以考虑的途径。自成立后,本中心一直为实现其目标而不断努力及在仲裁和调解的工作上积累丰富的经验,有足够的能力为当事人解决民事,行政或商事方面的争议。
澳门世界贸易中心仲裁中心与中国海事仲裁委员会于2021年7月签署合作协议,内容包括合作推广仲裁及其他替代性纠纷解决机制、合作开展仲裁研究和培训、跨境仲裁程序设施安排等等。